Zdaňování bioplynu prošlo s účinností od 1. srpna 2025 významnou změnou. Novela energetického zákona, tzv. Lex OZE III, přináší osvobození od daně z veškerého bioplynu evidovaného pod kódem nomenklatury 2711 29, který je využíván při kombinované výrobě elektřiny a tepla v kogeneračních stanicích.
Dosavadní praxe celní správy umožňovala osvobození pouze u té části plynu, která byla prokazatelně spojena s výrobou elektřiny. Poměrnou část bioplynu spotřebovanou k výrobě tepla bylo možné od daně osvobodit pouze v případě využití tepla k vytápění domácností nebo ve výrobně, kde byl plyn vyroben, přičemž bylo třeba naplnit přísné podmínky kladené na detailní evidenci.
Základem pro tento výklad byl rozsudek Soudního dvora EU ve věci C-31/17, který potvrzoval povinnost přiznat daň z veškerého bioplynu užitého na výrobu tepla. Nová zákonná úprava ve své podstatě rozšiřuje možnost osvobození u bioplynu a zároveň zjednodušuje související daňové a administrativní úkony pro provozovatele kogeneračních stanic.