Nejvyšší správní soud se ve svém nedávném rozsudku zabýval otázkou zániku vratitelného přeplatku za předpokladu, že o jeho vrácení daňový subjekt včas nepožádá. Závěry soudu přitom mohou mít vliv nejen na peněženku daňových subjektů, ale v určitých případech i na jejich procesní strategii v daňovém řízení.
Daňový řád již od počátku své účinnosti v roce 2011 obsahuje pravidlo, které stanoví, že nepožádá-li daňový subjekt o vrácení vratitelného přeplatku do 6 let od konce roku, ve kterém přeplatek vznikl, tento přeplatek zaniká a stává se příjmem veřejného rozpočtu.
V rozsudku ze dne 8. ledna 2026, č. j. 9 Afs 18/2025-44, ovšem Nejvyšší správní soud („NSS“) dovodil, že propadná lhůta šesti let, ve které je možné o použití či vrácení vratitelného přeplatku požádat, běží pro každý dílčí vratitelný přeplatek samostatně. Na osobním daňovém účtu tak není evidován pouze jeden přeplatek jakožto suma všech předpisů a plateb, nýbrž celá řada přeplatků, každý ve specifické výši, s konkrétním datem jeho vzniku, a tedy i konkrétním datem, ke kterému je třeba požádat o jeho vrácení.
Tuto lhůtu přitom nepřerušuje vznik dalších vratitelných přeplatků (pro ty počíná běžet samostatná šestiletá lhůta) ani vznik daňové povinnosti za předpokladu, že je tato daňová povinnost daňovým subjektem ve lhůtě splatnosti i uhrazena. V takovém případě se totiž k úhradě této daňové povinnosti použije právě konkrétní platba daňového subjektu, nikoliv již existující přeplatek.
Dle názoru NSS navíc není povinností správce daně daňový subjekt na existenci vratitelného přeplatku, ba dokonce ani na blížící se konec lhůty pro podání žádosti o jeho vrácení jakkoli upozorňovat. Dle NSS je totiž čistě na daňovém subjektu, aby se o stavy osobních daňových účtů, včetně případné existence vratitelných přeplatků, aktivně zajímal. Problematika identifikace existujících přeplatků na osobním daňovém účtu, resp. ve výpisu, ve kterém mají být veškeré přeplatky zachyceny, přitom vůbec není jednoduchou záležitostí.
Rozsudek NSS může mít zároveň vliv na volbu procesní strategie daňových subjektů z pohledu placení daní, neboť ve světle závěrů NSS se v některých případech může stát problematické udržovat přeplatek s cílem eliminovat vznik úroku z prodlení v případě eventuálního doměření daně.
V Deloitte máme s touto problematikou bohaté zkušenosti a jsme připraveni vám pomoci nejen s identifikací případných přeplatků evidovaných na vašich osobních daňových účtech, dispozicí s nimi, ale i s volbou optimální procesní strategie. Pokud si tedy nejste jisti, zda na vašem osobním daňovém účtu neexistuje přeplatek a jak zabránit jeho nevratnému zániku, obraťte se nás.
Semináře, webcasty, pracovní snídaně a další akce pořádané společností Deloitte.
