Tuto situaci posuzoval Krajský soud v Praze v nedávném rozsudku ze dne 29. dubna 2022, č. j. 51 Af 62/2020, a to pro investiční pobídku na rozšíření výroby. Při investiční pobídce na rozšíření výroby se sleva na dani stanoví ve výši rozdílu mezi aktuální výší daně (S1) a průměrem za tři předcházející zdaňovací období (S2). Klíčovou otázkou bylo, jak vyložit ustanovení zákona o daních z příjmů, které stanoví, že pro výpočet slevy se částka S1 nezvyšuje, je-li dodatečně vyměřena vyšší daňová povinnost.

Při výpočtu daně z příjmů se postupuje od výsledku hospodaření, který se dále upravuje např. o nedaňové náklady nebo nezdanitelné příjmy, zohlední se např. poskytnuté dary, uplatnitelné ztráty z předchozích období nebo odpočet na podporu výzkumu a vývoje. Na takto upravený základ daně se aplikuje sazba daně z příjmů a vypočte se daň. Tu lze ale dále snížit slevami – u právnických osob zejména o slevu na zaměstnance se zdravotním postižením a slevu z titulu investičních pobídek – a dále např. zápočtem daně zaplacené v zahraničí. Až poté se dostáváme k výsledné dani.

Finanční správa zastávala výklad, že jednou uplatněnou slevu již nelze dodatečně navyšovat, protože zákaz zvýšení S1 nelze vztahovat k výsledné výši daňové povinnosti, neboť z ní se při výpočtu částky S1 nevychází. V doměřovacím řízení je nově stanoven základ daně, který je po úpravách základnou pro výpočet S1. Pokud se tedy dodatečně zvýší základ daně, původně uplatněná sleva na dani se nemění a subjekt by měl doplatit rozdíl na dani.

Soud se naopak zastal daňového subjektu a uzavřel, že dodatečně vyměřenou daňovou povinností je nutné v kontextu limitující podmínky pro výpočet slevy na dani rozumět až výslednou částku daně. Pokud se tedy v dodatečném daňovém přiznání zvýší základ daně, ale proti vyšší dani se uplatní vyšší sleva na dani, a nedojde tak k navýšení výsledné daně, není naplněna podmínka dodatečného vyměření vyšší daňové povinnosti a vyšší slevu lze uplatnit. Dodatečně vyměřenou daňovou povinností je tak dle soudu až výsledná daň, která byla pravomocně doměřena. Prostřednictvím dodatečného daňového přiznání tedy lze zvýšit uplatněnou slevu na dani z titulu investičních pobídek, za předpokladu, že se konečná daň nezmění.

Závěrem je nutné dodat, že finanční správa podala proti tomuto rozsudku kasační stížnost. Otázku dodatečného uplatnění vyšší slevy na dani bude tedy v dohledné době posuzovat i Nejvyšší správní soud.