Poplatníci, kterým byla ze zákona zřízena datová schránka nebo kteří mají zákonem uloženou povinnost mít účetní závěrku ověřenou auditorem, musí podat formulářové podání (např. daňové přiznání k dani z příjmů) elektronicky ve stanoveném formátu a struktuře. Nedodržení povinného elektronického způsobu podání nebo podání daňového přiznání v nesprávném formátu či struktuře je formální vadou podání, jejímž následkem může být vznik pokuty ve výši 1 000 Kč, pokud není na výzvu správce daně vada odstraněna. Špatná volba způsobu podání daňového přiznání může také ovlivnit to, zda je dodržena lhůta pro podání daňového přiznání. Nedodržení lhůty pro podání daňového přiznání je sankcionováno pokutou, jejíž výše může být až 300 000 Kč, a případně vést i ke vzniku úroku z prodlení.

Vzhledem k významnému rozšíření okruhu osob, kterým byla od 1. ledna 2023 ze zákona zřízena datová schránka (především všechny podnikající fyzické osoby, ale i např. nadace, spolky nebo společenství vlastníků), zaznamenaly v praxi finanční úřady nárůst počtu vad podání zejména v souvislosti s daňovým přiznáním k dani z příjmů fyzických osob. Proto Finanční správa přistoupila s ohledem na zásady vstřícnosti a přiměřenosti k mimořádné toleranci vad podání spočívajících v nedodržení elektronického způsobu podání a předepsaného formátu a struktury datové zprávy u poplatníků, kterým byla datová schránka zřízena nově od 1. ledna 2023.

Z Informace k postupu správce daně ve věci odstraňování vad podání a vyměření daně v souvislosti se zřízením datových schránek ze zákona v prvním čtvrtletí roku 2023, zveřejněné na webu Finanční správy, vyplývá následující:

• Podání učiněná do 3. dubna 2023 nesprávně v listinné formě nebo v elektronické formě, ale v nesprávném formátu či struktuře jsou správcem daně standardně zpracována jako podání bezvadná; formální výzva k odstranění vad nebude vydána. Vyměřením se tyto vady podání stávají bezpředmětnými, jelikož jsou odstraněny z moci úřední. Lhůta pro podání daňového přiznání k datu 3. dubna 2023 je považována za zachovanou.
• Podání učiněná od 4. dubna 2023 do 2. května 2023 nesprávně v listinné formě nebo v elektronické formě, ale v nesprávném formátu či struktuře jsou správcem daně také standardně zpracována, jako by byla bez vad; formální výzva k odstranění vad nebude vydávána. U vadných listinných podání je lhůta podání do 2. května 2023 zachována pouze v případě, pokud poplatník vadu podání do 2. května 2023 také opravil. V takovém případě správce daně pokutu za opožděné tvrzení daně neukládá.
• Od 3. května 2023 do 2. června 2023 bude tolerance správce daně pouze u podání učiněných v elektronické formě, ale v nesprávném formátu nebo struktuře. Správce daně bude podle možností poplatníky neformálně upozorňovat na vady podání za účelem jejich opravy. Pokuty za opožděné tvrzení daně se budou uplatňovat, přičemž u podání učiněných nesprávně v listinné formě je třeba počítat s tím, že zákonná lhůta pro podání daňového přiznání uplynula již 3. dubna 2023. To také ovlivní případnou výši úroku z prodlení.