Od začátku roku 2026 dochází k výraznému posílení daňové podpory na výzkum a vývoj („VaV“). Poplatníci si nově mohou od základu daně odečíst 150 % vynaložených nákladů, a to do limitu 50 mil. Kč na poplatníka, případně na tzv. odpočtový celek v rámci skupiny poplatníků. Z textace novely a související důvodové zprávy lze již nyní očekávat, že podřazení pod odpočtový celek může být v praxi komplikované, zejména u poplatníků čerpajících investiční pobídky nebo v případě zahrnutí joint ventures. Nad uvedený limit zůstává zachována možnost uplatnit odpočet na VaV ve výši 100 % vynaložených nákladů, stejně jako před účinností novely.
Nová legislativa jednoznačně zvyšuje míru daňové podpory, ale samotné podmínky zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů („zákon“) ani požadovanou míru specifikace projektů VaV zásadním způsobem nemění. Novelizované znění zákona vypouští požadavky na uvedení pracovněprávního vztahu řešitelů projektů VaV a jejich kvalifikace, fakticky však neupravuje kvalitativní parametry zákonem vyžadované dokumentace, které jsou dlouhodobě dotvářeny soudní praxí. Právě v této oblasti vzniká nejvíce nejasností. Vysoký počet sporů se správcem daně a judikatura ukazují, že uplatnění odpočtu na VaV zůstává pro řadu poplatníků složité a nejasné. Níže shrnujeme závěry nejnovějších rozsudků.
Způsob kontroly a hodnocení projektu VaV
NSS potvrdil závěr správce daně, že projektová dokumentace musí konkrétně vymezovat způsob kontroly a hodnocení projektu VaV, tedy stanovovat, podle jakých kritérií a metodiky budou jednotlivé činnosti hodnoceny, jaký mechanismus kontroly bude použit, kdo kontrolu bude provádět (nikoli konkrétní jméno, ale např. pracovní pozice), s jakou četností a jaké záznamy budou o kontrole pořízeny. Ačkoliv zákon obsahuje pouze taxativní výčet požadavků bez další specifikace, NSS dovodil, že jejich zachycení v projektové dokumentaci musí být natolik konkrétní, aby správce daně mohl ověřit, že kontrola proběhla podle stanoveného plánu a jak bylo naloženo s jejími výsledky.
Oddělená nákladová evidence
NSS se dále zabýval otázkou uplatnění mzdových nákladů vypočtených na základě ročního průměru. Přestože zákon ani související metodický pokyn neposkytují konkrétní návod, jak mzdové náklady pro účely odpočtu na VaV kalkulovat, NSS dospěl k závěru, že náklad stanovený na základě ročního průměru nemusí odpovídat zaúčtovaným osobním nákladům a nelze jej dostatečně průkazně považovat za skutečně vynaložený. Pokud není možné jednotlivé účetní doklady jednoznačně propojit s evidovanými náklady a tyto náklady přesně a prokazatelně ověřit bez zkreslení, nelze je podle závěrů soudu pro účely odpočtu na VaV uznat.
Oddělená nákladová evidence
Na problematiku vedení oddělené nákladové evidence v souvislosti s projekty VaV reaguje NSS dalším rozsudkem, v němž se zabýval zejména přípustností evidence spočívající v podílovém určení zapojení jednotlivých zaměstnanců do projektu VaV. Tento způsob vedení evidence je podle závěrů NSS přípustný, nicméně každý takto kalkulovaný náklad musí být podložený konkrétní dobou strávenou prací na projektu VaV, popisem pracovních činností a s nimi souvisejícími mzdovými náklady. Důkazní břemeno leží na daňovém subjektu, který musí být schopen prokázat, že se jedná o skutečně vynaložené náklady, nikoli o kvalifikované odhady, a to i v případě zaměstnanců odměňovaných fixní měsíční mzdou.
Zákon výslovně ukládá pouze povinnost vést oddělenou nákladovou evidenci, nikoli povinnost vést výkazy práce. NSS však zdůraznil, že i při splnění této zákonné povinnosti nese daňový subjekt důkazní břemeno k prokázání skutečného vynaložení nákladů v souvislosti s projektem VaV. Z judikatury vyplývá, že bez dostatečně konkrétního propojení času stráveného prací na projektu VaV s jeho výstupy nelze tyto náklady považovat za průkazné, což v praxi pro poplatníky často představuje významnou administrativní zátěž.
NSS ve svých rozhodnutích opakovaně potvrzuje skutečnost, že uplatnění odpočtu na VaV je spojeno s výrazně přísnějšími požadavky, než jaké zákon formálně stanovuje. Zákon vyžaduje pouze obecné náležitosti projektové dokumentace a vedení oddělené nákladové evidence, neřeší však konkrétní způsob kalkulace nákladů, podrobnosti kontroly projektu VaV ani kvalitu zaznamenávaných údajů. Soudy tyto požadavky vykládají velmi přísně a kladou důraz nejen na formální splnění dokumentace, ale i na její kvalitu a konkrétnost.
V praxi musí poplatníci vynakládat značné administrativní úsilí – od přípravy potřebných podkladů přes průběžné sledování soudní judikatury až po promítání soudních výkladů do interních procesů. Novela přitom nestanovuje konkrétní postupy ani jasné požadavky vyplývající z judikatury a nepřináší větší jistotu ani v dlouhodobě sporných oblastech. Přesto může zvýšený odpočet ve výši 150 % vynaložených nákladů, při správně nastavených interních procesech a kvalitně zpracované podpůrné dokumentaci, představovat účinný nástroj daňové podpory výzkumu a vývoje.
Semináře, webcasty, pracovní snídaně a další akce pořádané společností Deloitte.
