V diskutovaném případě správce daně formálně zahájil daňovou kontrolu až s podstatným časovým odstupem od jejího materiálního započetí, které správce daně považoval za pouhou vyhledávací činnost.

Nejvyšší správní soud dal za pravdu daňovému subjektu, když konstatoval, že správce daně je povinen při svém postupu respektovat zákonný rámec konkrétního postupu a pohybovat se pouze v jeho mezích. Pokud tedy správce daně komplexně prověřoval skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně a rozsah tohoto prověřování byl ve vztahu k daňovému subjektu věcně a časově vymezen, měl zvolit postup, který mu tuto činnost umožňuje, tedy daňovou kontrolu.

Dopad na daňová řízení

Provádění komplexního dokazování a následného hodnocení rozhodných skutečností totiž umožňuje z možných zákonem stanovených postupů právě daňová kontrola. Vzhledem k tomu, že tuto činnost správce daně materiálně prováděl již před formálním zahájením daňové kontroly, je nezbytné považovat daňovou kontrolu za materiálně zahájenou již v rámci postupu, který správce daně označoval jako vyhledávací činnost. Rozhodným pro přerušení běhu prekluzivní lhůty je tedy okamžik materiálního zahájení daňové kontroly, nikoliv až jeho formální deklarace.

Výše uvedený rozsudek může mít přitom zásadní dopad na daňová řízení, u kterých správce daně prováděl již před formálním zahájením daňové kontroly vyhledávací činnost nebo také místní šetření, které svojí intenzitou a rozsahem přesahovaly jejich zákonné limity. Související dřívější počátek běhu přerušené prekluzivní lhůty přitom může způsobit, že daň byla stanovena až po jejím uplynutí. Vzhledem k tomu, že uplynutí prekluzivní lhůty je možné namítat i v pozdějších fázích řízení, dokonce i před soudem, neváhejte se na nás obrátit, pokud jste se s takovým intenzivním prověřováním před zahájením daňové kontroly setkali.