Novelou daňového řádu účinnou od 1. 7. 2025 došlo k rozšíření možností promíjení penále, které vzniká při doměření daně z moci úřední. Správce daně mohl před novelou prominout penále do maximální výše 75 %. Nově může správce daně z ospravedlnitelného důvodu prominout daňovému subjektu 100 % penále vzniklého od 1. 7. 2025. Zároveň však v daňovém řádu zůstala možnost prominout penále do výše 75 % v případech, kdy ospravedlnitelný důvod neexistuje, ale daňový subjekt v rámci kontrolního postupu vedoucího k doměření se správcem daně řádně spolupracoval.
Nový pokyn k promíjení příslušenství daně
V návaznosti na novelu daňového řádu vydalo Generální finanční ředitelství nový pokyn GFŘ-D-72 k promíjení příslušenství daně, který nabyl účinnosti 15. 9. 2025. Pokyn stanoví postup správce daně při promíjení a sjednocuje správní praxi při posuzování ospravedlnitelných důvodů, na jejichž základě lze příslušenství daně prominout.
Podle pokynu je ospravedlnitelným důvodem pro prominutí 100 % penále situace, kdy daňový subjekt podal nepřípustné dodatečné daňové tvrzení před zahájením kontrolního postupu a údaje v něm tvrzené správce daně využil při stanovení výsledné daně, přičemž doměřená daň nepřesahuje dvojnásobek daně tvrzené daňovým subjektem. Podmínkou maximálního prominutí je splnění ostatních formálních a věcných podmínek prominutí, tak jako v případě promíjení jen do výše 75 % penále.
K podání nepřípustného daňového přiznání může dojít v případě, pokud daňový subjekt podá dodatečné daňové přiznání v době, kdy správce daně ještě nestihl stanovit daň na základě dříve podaného daňového přiznání. Daňový řád v takové situaci stanoví, že správce daně údaje z neúčinného daňového přiznání využije, jako by šlo o jeho vlastní zjištění, což má v případě vyšší daňové povinnosti za následek vznik penále. Tento negativní následek má být odstraněn právě prostřednictvím institutu prominutí penále.
Samotný pokyn pak umožňuje, aby správce daně prominul penále i z jiného ospravedlnitelného důvodu, než který je uveden v pokynu. Avšak v takovém případě půjde o promíjení nad rámec pokynu, pro které platí pravidla podpory de minimis upravené právem EU, např. maximální výše podpory v různých oborech činnosti, jež se vztahuje na celou spojenou skupinu.
Dodatek k pokynu o prominutí pokut za nepodání kontrolního hlášení
Aktualizován byl také pokyn GFŘ-D-29 k prominutí pokut za nepodání kontrolního hlášení, do něhož byl přidán nový ospravedlnitelný důvod prominutí. Podle něj má daňový subjekt možnost obecného prominutí jednoho pochybení vztahujícího se k plnění povinností u kontrolního hlášení a zakládajícího vznik pokuty. Tento ospravedlnitelný důvod se použije u pochybení nastalého od 1. 1. 2025 u pokuty stanovené dle § 101h odst. 1 písm. c) a d) zákona o dani z přidané hodnoty.
Jednou za kalendářní rok tak správce daně může na základě žádosti daňového subjektu prominout jednu pokutu za nepodání následného kontrolního hlášení na základě výzvy správce daně ke změně, doplnění či potvrzení údajů uvedených v podaném kontrolním hlášení (pokuta ve výši 30 000 Kč) nebo pokutu za nepodání kontrolního hlášení ve stanovené lhůtě na základě výzvy správce daně (50 000 Kč). Podmínkou pro obecné prominutí je splnění i ostatních formálních a věcných podmínek.