Při neoprávněném navýšení základu daně operacemi se spojenými osobami se sleva na dani pouze sníží, a to o hodnotu daně vypočtené z částky, o kterou byl základ daně neoprávněně navýšen. V této souvislosti se v minulosti vedly odborné diskuze, v jakých případech se uplatní staré znění ZDP a v jakých případech nové znění ZDP. V této souvislosti vydal Nejvyšší správní soud rozhodnutí, které uvedenou problematiku objasňuje.

V uvedeném sporu správce daně zahájil u daňového subjektu 18. prosince 2014 daňovou kontrolu za zdaňovací období let 2011 a 2012, přičemž při kontrole zjistil neoprávněné navýšení základu daně v transakcích se spojenou osobou. Z tohoto důvodu konstatoval porušení podmínky pro čerpání slevy na dani v podobě investiční pobídky a postupoval dále, jako kdyby daňový subjekt investiční pobídku ve formě slevy na dani zcela ztratil (správce daně aplikoval staré znění ZDP). Správce daně tvrdil, že nové znění ZDP se použije na případy, kdy k porušení podmínek a k současnému vzniku daňové povinnosti došlo až po 1. květnu 2015. Dle tohoto výkladu by šlo aplikovat nové znění ZDP až na zdaňovací období, kdy daňová povinnost vznikla až po 1. květnu 2015. S tímto názorem se daňový subjekt neztotožnil a Nejvyšší správní soud mu dal za pravdu. V této souvislosti konstatoval, že dle přechodného ustanovení nového znění ZDP není vůbec rozhodné, zdali k porušení podmínky pro čerpání investiční pobídky došlo před, nebo po nabytí účinnosti nového znění ZDP.

Závěrem lze tedy konstatovat, že ve sporech ohledně porušení podmínky pro čerpání investiční pobídky neoprávněným navýšením základu daně operacemi se spojenými osobami by již neměla být důsledkem absolutní ztráta investiční pobídky v podobě slevy na dani, a to bez ohledu na to, jestli zdaňovací období, kterého se spor týká, skončilo před, nebo po nabytí účinnosti nového znění ZDP.