V dlouho očekávaném rozsudku vyřešil rozšířený senát Nejvyššího správního soudu („NSS“) otázku, jak správně spočítat prekluzi v situacích, kdy lhůta pro stanovení daně začala běžet před 1. 1. 2011 (za platnosti zákona o správě daní a poplatků), ale žaloba byla podána po 31. 12. 2010 (tedy za platnosti dnešního daňového řádu). Pokud by se běh lhůty řídil daňovým řádem, pak by celková lhůta nikdy nemohla přesáhnout maximálních deset let a po jejich uplynutí by již správce daně nemohl daň stanovit. Pokud by se řídil zákonem o správě daní a poplatků, bylo by možné lhůtu pro stanovení daně prodloužit nad 10 let.
Správce daně doměřil daňovému subjektu daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2006 a 2007. Proti dodatečným platebním výměrům se daňový subjekt odvolal, ale nebyl úspěšný. Proto podal v roce 2011, tedy už za účinnosti daňového řádu, proti rozhodnutí o odvolání žalobu. Krajský soud dodatečné platební výměry v roce 2013 zrušil. Odvolací finanční ředitelství tak muselo ve věci rozhodnout znovu, přičemž jeho rozhodnutí bylo i podruhé krajským soudem zrušeno. Třetí rozhodnutí o odvolání z roku 2019 bylo krajským soudem taktéž zrušeno, neboť již uplynula maximální desetiletá lhůta pro stanovení daně dle daňového řádu. Odvolací finanční ředitelství však s tímto názorem nesouhlasilo, a proto podalo kasační stížnost k NSS.
Devátý senát NSS, který měl o případu rozhodnout, předložil věc rozšířenému senátu NSS, a to z důvodu rozdílné praxe v posuzování této problematiky mezi jednotlivými senáty NSS. Rozšířený senát ve svém rozsudku nejdříve připomněl, že pravidlo o stavění lhůty po dobu řízení před správními soudy, upravené obecně v zákoně o soudním řízení správním pro všechny oblasti veřejného práva, se od 1. 1. 2011 na případy daní neaplikuje. Je tomu tak proto, že na rozdíl od zákona o správě daní a poplatků obsahuje daňový řád komplexní právní úpravu běhu lhůty pro stanovení daně. Na stavění lhůty pro stanovení daně se tudíž od 1. 1. 2011 aplikuje pouze daňový řád jako speciální právní úprava.
V případě, kdy lhůta pro stanovení daně počala běžet před 1. 1. 2011, rozšířený senát NSS na základě přechodných ustanovení daňového řádu dovodil, že řízení před správním soudem zahájené po 31. 12. 2010 (tedy žaloby podané po tomto datu) přerušuje běh prekluzivní lhůty podle pravidel stanovených daňovým řádem. To znamená, že i v případě stavění lhůty z důvodu zahájení a vedení řízení před správními soudy nikdy nemůže celková lhůta pro stanovení daně přesáhnout maximální délku deseti let.
V posuzovaném případě tak rozšířený senát NSS kasační stížnost Odvolacího finančního ředitelství zamítl. Soudní řízení před správním soudem zahájené v roce 2011 sice stavělo lhůtu pro stanovení daně (tj. po dobu soudního řízení neběžela), ale ta již v době vydání posledního rozhodnutí o odvolání prekludovala z důvodu uplynutí celkové maximální desetileté lhůty.
Na rozsudek rozšířeného senátu NSS už reagovala i Finanční správa České republiky, která prostřednictvím svého profilu na sociálních sítích sdělila, že na jeho základě mění svoji dosavadní rozhodovací praxi. V některých starších případech tak lze očekávat ukončení běžících sporů právě z toho důvodu, že již uplynula lhůta pro stanovení daně.
Semináře, webcasty, pracovní snídaně a další akce pořádané společností Deloitte.
