Odpočet na výzkum a vývoj je bezesporu zajímavý nástroj, díky kterému si společnosti zabývající se vývojem mohou snížit daňový základ. Objevují se však případy, které nás nutí přistupovat k tomuto tzv. „dvojímu odečtení nákladů“ velmi obezřetně. Za všechny uveďme případ, kdy poplatník beze sporu vynakládá náklady na výzkum a vývoj, přesto se dostává do sporu se správcem daně v důsledku, řeklo by se až zanedbatelných, formálních pochybení. Těmi může být např. neuvedení kvalifikace a pracovněprávního vztahu vývojových zaměstnanců v rámci Projektu výzkumu a vývoje. Přesně to se totiž stalo jednomu daňovému poplatníkovi z Moravy. V důsledku tohoto opomenutí mu nebyl uznán odpočet přesahující 40 mil. Kč.

Přitom pod pojmem „kvalifikace“ si můžeme představit např. „vysokoškolské vzdělání“, pod pracovněprávním vztahem např. označení „zaměstnanec“. Obě tyto skutečnosti jsou snadno dohledatelné a doložitelné i jiným způsobem. Jelikož jsou ale vyžadovány jako jedna z povinných náležitostí Projektu výzkumu a vývoje, Krajský soud v Brně byl v rámci svého rozsudku nekompromisní – vzhledem k tomu, že poplatník neprokázal formálně bezchybné vyhotovení Projektu výzkumu a vývoje, a tím nenaplnil základní požadavek zákonodárce na přiznání odpočtu na dani z příjmů, soud se odmítl zabývat jeho dalšími námitkami (např. vypracování znaleckých posudků potvrzujících jeho činnosti jako vývojové) a odpočet neuznal.

Je jistě namístě doporučit firmám provádějícím výzkum a vývoj, aby odpočet využívaly, zároveň ale nesmí podceňovat ani oblast formálních náležitostí odpočtu. Pečlivá, ideálně vícestupňová kontrola veškerých povinných náležitostí projektové dokumentace by měla být nedílnou součástí přípravy odpočtu na výzkum a vývoj. Také příprava všech důkazních prostředků ještě před zahájením případné daňové kontroly může být zásadním krokem k úspěšnému uplatnění odpočtu.

Daňovou kontrolou „nanečisto“ vás v případě zájmu rádi provedeme.