Při přeměně rozdělením dochází k přechodu jmění z rozdělované společnosti na jednu nebo více nástupnických společností. Rozdělovaná společnost pak může, ale nemusí v důsledku přeměny zaniknout.

Způsob a rozsah přechodu daňových práv a povinností související s přecházejícím jměním obecně zakotvuje daňový řád (DŘ). V § 240 DŘ je stanoveno, že pokud zaniká právnická osoba s právním nástupcem, přechází její daňová povinnost právě na tohoto právního nástupce. Do konce roku 2013 toto ustanovení dále určovalo, že dojde-li k zániku právnické osoby rozdělením, aniž by bylo dostatečně zřejmé, v jakém rozsahu přechází daňová povinnost na její právní nástupce, určí právní nástupnictví ohledně daňových povinností správce daně.

Přechod daňové povinnosti byl tedy blíže definován pouze pro případy, kdy v důsledku přeměny rozdělením rozdělovaná společnost zanikla. Bylo pak na zúčastněných společnostech, případně na správci daně, aby rozdělení těchto povinností dostatečně konkrétně určili přímo v projektu přeměny (rozsah přechodu daňových povinností je totiž povinnou náležitostí projektu rozdělení). V praxi to znamenalo pro zúčastněné společnosti možnost určit, jaká existující daňová práva a povinnosti přechází na nástupnické společnosti.

Naopak v případě rozdělení odštěpením, tedy přeměny bez zániku rozdělované společnosti, nebyl způsob přechodu daňových povinností zřejmý. Nejvyšší správní soud (NSS) dokonce v jednom ze svých rozhodnutí dospěl k závěru, že v případě odštěpení realizovaného za účinnosti této právní úpravy byl přechod daňové povinnosti možný pouze v případě zániku rozdělované společnosti. V případě rozdělení odštěpením bez zániku rozdělované společnosti tak veškerá práva a povinnosti zůstávaly na původním daňovém subjektu.

Situace po novelizaci daňového řádu ve 2014

V roce 2014 byl daňový řád novelizován. Definice přechodu daňové povinnosti v případě rozdělení rozštěpením byla převedena do § 240b DŘ a dále rozšířena na všechny případy přeměn právnických osob rozdělením (nikoliv pouze na případy, kdy rozdělovaná společnost zanikne). NSS přechod daňové povinnosti v případě přeměny rozdělením odštěpením z nezanikající rozdělované společnosti na nástupnickou společnost na základě tohoto ustanovení potvrdil. Dané rozhodnutí bylo však vydáno ve specifických podmínkách. Jednalo se o již existující daňovou povinnost (byť ke dni právních účinků přeměny podmínečně osvobozenou), vázanou na vklad podílu do společnosti dle v té době platné právní úpravy osvobození od daně z převodu nemovitostí při vkladu do společnosti.

Je tedy otázkou, zda lze přechod daňové povinnosti při přeměně rozdělením zobecnit na všechny případy odštěpení a také zda lze v souladu s § 240b DŘ rozsah přechodu daňové povinnosti z nezanikající rozdělované společnosti na nástupnické společnosti libovolně upravit v projektu přeměny. Tato úvaha je klíčová nejen z pohledu závazků existujících k rozhodnému dni odštěpení z důvodu tzv. křížového ručení společností zúčastněných na přeměně za dluhy, jež přešly v důsledku odštěpení, ale také z důvodu případného přechodu latentních daňových závazků k rozhodnému dni přeměny.