Přestože obchodní aktivity mezi Českou republikou a Tchaj-wanem každoročně nabývají na významnosti, z daňového hlediska nejsou související transakce pokryty standardní mezinárodní smlouvou o zamezení dvojímu zdanění, jak je tomu s většinou ostatních zemí. Hlavním důvodem pro neexistenci smlouvy tohoto typu je skutečnost, že Česká republika neuznává suverenitu Tchaj-wanu. V praxi to doposud mohlo mít za následek znevýhodnění Tchaj-wanu jakožto obchodního partnera, jelikož některé typy příjmů českých firem a osob plynoucí z této země musely být zdaněny v ČR bez ohledu na to, zda již nedošlo ke zdanění stejné transakce i na území Tchaj-wanu, a naopak. Prakticky se mohlo jednat např. o příjmy z provádění stavebních, montážních a výzkumných činností, z poskytování technického poradenství, využívání patentů, z úroků, majetkových účastí atd. Dále se to týká např. i příjmů ze závislé činnosti, příjmů umělců či sportovců a příjmů z využívání autorských práv.

To vedlo k několikaletým diskusím zástupců obou zemí, které vyústily v návrh speciálního zákona upravujícího zamezení tomuto dvojímu zdanění. V současné době zákon prošel schvalovacím legislativním procesem a 26. února 2020 byl publikován ve Sbírce zákonů. Po 15 dnech od  vyhlášení ve Sbírce zákonů vstoupí zákon v účinnost. Toto jednostranné opatření bude recipročně podpořeno zavedením velice obdobného zákona ze strany Tchaj-wanu vůči ČR, dle neformálních informací by již měl být tamější zákon připraven. V opačném případně by došlo k pozastavení nebo ukončení provádění tohoto zákona ze strany ČR.

Dvojí zdanění se má v ČR na základě schválené úpravy vylučovat metodou tzv. prostého zápočtu. Prakticky to pro české rezidenty s příjmy z Tchaj-wanu znamená, že daň vypočtená v ČR z celkových příjmů se sníží o daň zaplacenou na Tchaj-wanu. Maximálně však lze odečíst částku poměrně připadající na tchajwanský dílčí daňový základ. Na příjmy fyzických osob ze závislé činnosti vykonávané na Tchaj-wanu může být aplikována metoda vynětí, kdy se tyto příjmy vyjímají ze zdanění v ČR, pokud již byly zdaněny na Tchaj-wanu.

Základní principy vyloučení dvojího zdanění mají být následující:

• Příjmy fyzických a právnických osob se zdaňují primárně v zemi jejich daňové rezidence, ve druhé jurisdikci mohou být zdaněny jen za podmínek výslovně definovaných ustanoveními tohoto zákona.
• Zisky z činnosti podniků jedné jurisdikce přímo vykonávané ve druhé jurisdikci prostřednictvím stálé provozovny mohou být zdaněny v této druhé jurisdikci, návrh zákona počítá i s tzv. službovou stálou provozovnou (pokud činnosti vykonávané na území dané jurisdikce přesáhnou 9 měsíců v rámci jakéhokoliv dvanáctiměsíčního období).
• Příjmy z nemovitého majetku a jeho užívání nebo pronajímání mohou být zdaněny v jurisdikci, ve které se takovýto majetek nachází.
• V případě zisků z prodeje akcií nebo jiných podílů, jejichž hodnota plyne z více než 50 % přímo nebo nepřímo z nemovitého majetku umístěného na druhém území, bude mít právo na zdanění stát zdroje (tzv. nemovitostní klauzule).
• Zdaňování dividend, úroků a licenčních poplatků je v zásadě umožněno v obou jurisdikcích. Pokud je příjemce skutečným vlastníkem s rezidencí v druhé zemi, pak v jurisdikci zdroje příjmu nesmí daň dle pravidel daného území přesáhnout tyto hranice:– Dividendy – 10 % hrubé částky dividend– Úroky – 10 % hrubé částky úroků; toto pravidlo se nevztahuje na některé typy úroků, např. z úvěrů na pořízení zboží či zařízení a z úvěrů zaručených vládními institucemi (tyto se zdaňují pouze v zemi rezidence příjemce úroků)– Licenční poplatky – 5 % hrubé částky licenčních poplatků za průmyslová, obchodní nebo vědecká zařízení a 10 % hrubé částky ostatních licenčních poplatků