Podle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu je smyslem místního šetření shromáždit předběžné informace, které bude možné následně využít v daňovém řízení. Často je přitom akcentováno, že místní šetření má sloužit právě a pouze k zajištění podkladových informací a k „mapování terénu“. Pokud naopak správce daně již fakticky zjišťuje či ověřuje okolnosti relevantní pro správné stanovení daně, vybočuje ze zákonných mezí místního šetření a provádí již úkony typické pro daňovou kontrolu, a to včetně potenciálních dopadů na běh lhůty pro stanovení daně.

V posuzovaném případě prověřoval správce daně u daňového subjektu oprávněnost uplatněného odpočtu výdajů vynaložených na podporu výzkumu a vývoje v rámci daňové kontroly, na jejímž základě doměřil daňovému subjektu daň z příjmů právnických osob včetně penále.

V čem správce daně pochybil?

Ještě před formálním zahájením daňové kontroly provedl správce daně u daňového subjektu rozsáhlé místní šetření. Tato skutečnost pak vedla k dřívějšímu přerušení lhůty pro stanovení daně (správce daně přerušení spojoval až s formálním zahájením daňové kontroly), v důsledku čehož byla správcem daně doměřena daň až po uplynutí tříleté prekluzivní lhůty pro stanovení, a tudíž nezákonně.

Z tohoto důvodu tak správce daně překročil mantinely dané zákonem, který mu ukládá, že kontrolní postup a doměření daně musí ukončit v rozmezí tří let. Daňovému subjektu tedy nemohla být daň doměřena a ten tak spor vyhrál. Znovu se tak potvrdilo, že má smysl se bránit.