Finanční správa informovala, že závěry vyplývající z rozsudku Nejvyššího správního soudu bude respektovat. Generální finanční ředitelství pak za účelem jeho praktického naplnění vydalo metodický pokyn, podle nějž mají finanční úřady vyšší úrok v případě neskončených řízení o úroku z odpočtu přiznávat. V praxi pak vidíme, že finanční úřady skutečně vyšší úrok přiznávají, avšak pouze za období zadržování odpočtu DPH do 30. 6. 2017.

Pokud jde o již pravomocně ukončená řízení o úroku z odpočtu, finanční úřady samy zpětně nepřezkoumávají, který plátce DPH měl ve skutečnosti nárok na vyšší úrok. Je tak zcela na plátci DPH, aby svůj nárok aktivně u finančního úřadu uplatňoval. Přitom vyšší úrok může v některých případech činit významnou částku.

Příklad z praxe

Příkladem může být společnost, které finanční úřad zadržoval odpočet DPH za zdaňovací období leden 2014 ve výši 10 mil. Kč až do 20. června 2017. Jako kompenzaci přiznal finanční úřad společnosti pouze částku cca 300 tis. Kč (1 % plus repo ČNB za období od srpna 2014 do vyplacení odpočtu DPH). Po vydání rozsudku Nejvyššího správního soudu požádala společnost o přezkoumání výše úroku a finanční úřad vázán také metodickým pokynem Generálního finančního ředitelství přiznal společnosti úrok ve výši téměř 4,3 mil. Kč (14 % plus repo ČNB za období od května 2014 do vyplacení odpočtu DPH). Dodatečně se tak společnost v krátkém čase domohla částky 4 mil. Kč.

Lze tak shrnout, že plátci DPH by si měli výši již v minulosti přiznaných a vyplacených úroků z odpočtu DPH pečlivě prověřit a v relevantních případech aktivně požadovat změnu původního rozhodnutí o úroku. Změna výše úroku je však možná do 6 let od vzniku přeplatku.