Finanční správa dosud zastávala opačný názor, tedy že do ceny sjednané pro určení základu daně daně z nabytí nemovitých věcí má být DPH zahrnuta. Vycházela zejména ze znění důvodové zprávy k zákonnému opatření Senátu č. 340/2013 Sb., o dani z nabytí nemovitých věcí („zákonné opatření“), která stanoví, že DPH má být do základu daně zahrnuta.

Důvod, proč by DPH do ceny sjednané zahrnuto být mělo, ovšem není v důvodové zprávě nijak zdůvodněn, což dle NSS oslabuje relevanci této důvodové zprávy pro další výklad. Jako hlavní důvody však NSS uvedl tyto:

• Smyslem daně z nabytí je zdanění transferu majetku, důležitá je hodnota převáděného nemovitého majetku. Za hodnotu majetku však nelze považovat DPH, které je součástí kupní ceny, neboť se jedná o částku, kterou převodce inkasoval pro stát. Zahrnutím DPH do základu daně z nabytí nemovitých věcí by tak znamenalo, že převodce by danil nejen svůj zisk, ale i částku, kterou pro stát inkasoval, a která se fakticky nestala částí jeho majetku.
• Výklad správce daně je v rozporu s principem daňové neutrality, protože pouze z důvodu, že by daňový subjekt byl plátcem DPH, byl by zatížen vyšší daní z nabytí nemovitých věcí než jiné srovnatelné subjekty – neplátci DPH. Pro takové rozdílné zacházení není žádný ospravedlnitelný důvod.
• Pokud měl zákonodárce záměr zahrnout DPH do ceny sjednané pro určení základ daně, zapomněl tak v legisla tivě učinit dostatečně jasným a nepochybným způsobem. A v případě, kdy existují dva možné výklady, je nutné respek tovat zásadu in dubio pro mitius, tzn. v případě možnosti více výkladů právního předpisu z důvodu ochrany ústavních principů, je nutné dát přednost výkladu, který je ve pro spěch soukromé osoby.

Na základě výše uvedeného vydala Finanční správa prohlášení, že se přizpůsobí správní praxi a bude pro účely stanovení základu daně akceptovat cenu sjednanou bez DPH pro případy, kdy v období od 1. 1. 2014 do 31. 10. 2016 byl poplatníkem daně z nabytí nemovitých věcí převodce.

Na základě výše uvedených rozhodnutí NSS a přístupu Finanční správy je možné podat dodatečná daňová přiznání k dani z nabytí nemovitých věcí, pokud bylo daňové přiznání podání podle zákonného opatření účinného do konce října 2016 a poplatníkem byl nabyvatel, a to nejpozději tři roky ode dne, v němž uplynula lhůta pro podání daňového přiznání.

V této souvislosti vydala Finanční správa 24. listopadu 2017 prohlášení, v rámci kterého potvrdila, že výše uvedený postup bude aplikovat i na případy, kdy je poplatníkem daně nabyvatel (nejčastěji kupující).